《水生生物学》学科是1985年由章宗涉研究员创建的，1990年获硕士学位授予权；经过几十年的努力，尤其是近些年来的快速发展，在水环境生物学、蓝藻光合作用和微藻光合放氢等方面形成了自己的特色。本学科主要成员近五年主持国家级项目近10项，主持和参与上海市重点、重大项目6项，其他项目10余项；发表SCI学术论文近100篇；出版著作5部；获省部级科研奖励4项。

本学科目前设有三个主要研究方向：

[1] 水环境生物学：研究水域与湿地生物的多样性及其保护、生物与环境的关系以及湿地生态系统的恢复和重建问题。重点放在藻类在水环境监测中的作用，藻类与湖泊富营养的关系，水华蓝藻的治理和控制机理等方面的问题。

[2] 蓝藻光合作用：以模式蓝藻集胞藻6803为研究对象，利用转座子突变体库筛选，通过功能基因组学、正反向遗传学、生物化学、植物生理学等技术，分离和鉴定出NDH-1复合体相关的亚基和成熟因子，进一步研究这些亚基和因子在该复合体的组装和生物发生中的功能，以及该复合体在电子传递中的网络调控等问题。

[3] 微藻光合放氢：以微藻（主要是蓝藻和绿藻）为研究对象，利用正反遗传学、生物化学、植物生理学等技术，分离和鉴定出与微藻光合放氢相关的关键基因，研究这些关键基因影响光合放氢的功能机理等问题。